دوره‌های آموزشی در مدرسه پژوهش با بهره‌گیری از شعار “مسلمان سالم” به دو دسته اصلی تقسیم می‌شوند:
- دوره‌هایی که مستقیما به پژوهش در حوزه‌های مرتبط با این شعار ارتباط دارند
- دوره‌هایی که به طور کلی در یادگیری فعالیت‌های پژوهشی موثرند
مدرسه پژوهش محلی برای ارتقای سطح پژوهش نوپژوهان در حوزه‌های مختلف است و شامل دوره‌های آموزشی زیر می‌باشد:
- پروپوزال نویسی
- مقاله نویسی پژوهشی
- روش تحقیق و پژوهش در علوم انسانی
- ترفند های جستجوی علمی در فضای مجازی
و…