شاید در نگاه اول به نظر برسد، حوزه مدیریت نمی‌تواند ارتباطی با موضوع فعالیت موسسه، شعار مسلمان سالم و دغدغه موسسه زیتون داشته باشد، اما مدرسه مدیریت هدف خود را ارتقای مدیریت در موسسات و سمن‌های مختلف به خصوص ممجموعه‌های مذهبی در ایران قرار داده است. مخاطبینی دغدغه‌مند که در این حوزه فعالیت می‌کنند، اما عموما با دانش و مهارت مدیریت آشنایی ندارند.
در مدرسه مدیریت چگونگی برنامه‌ریزی استراتژیک برای موسسه مذهبی، چگونگی مدیریت نیروهای داوطلب در فضای مذهبی، شیوه‌های مدیریت کارآمد خود و موسسه مذهبی را می‌آموزند و از این راه، مراکز و موسسات مذهبی یا افراد دغدغه‌مند فرصتی برای ارتقای خود می‌یابند.
- این مدرسه شامل دوره‌های آموزشی زیر می‌باشد:
- برنامه ریزی استراتژیک موسسات فرهنگی
- اخذ مجوز برای فعالیت های فرهنگی
- کارگاه برند برنده
و …